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為避免色譜柱容量的超載，在分析未知濃度的樣品時，最好先稀釋100倍進樣，或用微量進樣器進樣1-2ul，再根據所得結果選擇合適的稀釋倍數或進樣量，這樣既可以避免色譜柱容量超載，又可以減少強保留組分對柱子的污染。
《水質 無機陰離子（F-、Cl-、NO-2、Br-、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO42-4）的測定 離子色譜法》（HJ 84-2016）樣品的采集和保存規(guī)定，采集的樣品應盡快分析。若不能及時測定，于4℃以下冷藏、避光保存，測定前過濾。
在離子色譜分析中，若水負峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產生干擾。
《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）中的水溶性陰離子是指環(huán)境空氣顆粒物樣品，在不加化學試劑的情況下用去離子水溶解的陰離子。
采用《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）測定固定污染源廢氣中的硫酸霧時，如采樣使用的玻璃纖維濾筒空白值高于檢出限，用實驗用水反復浸洗濾筒，并超聲清洗，直至測定浸泡水的電導率小于3.0mS/m。
離子色譜法測定環(huán)境空氣和廢氣中氯化氫時，樣品采集完畢，吸收液移入具塞比色管中定容后，即可直接在離子色譜儀上進樣分析。
《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）的吸收液要臨用現配。
采用《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定固定污染源廢氣中氯化氫時，當廢氣中氯化氫濃度低時，吸收液濃度也可配得低一些，測定時稀釋至與淋洗液濃度相近。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，顆粒物濾膜實驗室空白試樣的制備是將與樣品采集同批次的空白濾膜帶至采樣現場，不采集顆粒物樣品，按照樣品的運輸和保存要求，與樣品一起帶回實驗室，按照與顆粒物濾膜試樣的制備相同步驟制備。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，若空白濾膜中待測離子含量高出方法檢出限時應棄去不要，重新取一張濾膜分析。