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離子色譜法測定無機陰離子時，不被色譜柱保留或弱保留的陰離子干擾F-和Cl-測定時，用強淋洗液進行洗脫。
用離子色譜法測定廢氣中硫酸霧時，當樣品中含有鈣、鍶、鎂、銅、鐵等金屬陽離子時可以通過陰離子樹脂柱交換處理的方法，除去干擾。
在離子色譜分析中，若水負峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產生干擾。
離子色譜的電導檢測器內，電極間的距離G越小，死體積越小，則靈敏度越低。
采用《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定環(huán)境空氣和廢氣中氯化氫時，每次采集樣品應至少帶兩套全程序空白樣品。將同批次裝好吸收液的吸收瓶帶至采樣現場，不與采樣器連接，采樣結束后帶回實驗室待測。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）采用堿性吸收液吸收固定污染源廢氣和無組織排放樣品中的氯化氫。
《水質 磷酸鹽的測定 離子色譜法》（HJ 669-2013）的樣品采集與保存規(guī)定，采集的樣品應經0.45μm微孔濾膜過濾，其濾液不加任何保存劑，收集于聚乙烯或玻璃瓶內，在0℃~4℃下可保存48h。
采用《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）測定固定污染源廢氣中的硫酸霧時，采樣使用的濾筒對粒徑大于0.3μm的顆粒物阻隔效率不低于99.9%。
為避免色譜柱容量的超載，在分析未知濃度的樣品時，最好先稀釋100倍進樣，或用微量進樣器進樣1-2ul，再根據所得結果選擇合適的稀釋倍數或進樣量，這樣既可以避免色譜柱容量超載，又可以減少強保留組分對柱子的污染。
采用《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定固定污染源廢氣中氯化氫時，當廢氣中氯化氫濃度低時，吸收液濃度也可配得低一些，測定時稀釋至與淋洗液濃度相近。