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在離子色譜分析中，若水負(fù)峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產(chǎn)生干擾。
采用《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定環(huán)境空氣和廢氣中氯化氫時，每次采集樣品應(yīng)至少帶兩套全程序空白樣品。將同批次裝好吸收液的吸收瓶帶至采樣現(xiàn)場，不與采樣器連接，采樣結(jié)束后帶回實(shí)驗(yàn)室待測。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，若空白濾膜中待測離子含量高出方法檢出限時應(yīng)棄去不要，重新取一張濾膜分析。
《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）的吸收液要臨用現(xiàn)配。
在離子色譜分析中，進(jìn)樣體積大，水負(fù)峰亦大；淋洗液的濃度越高，水負(fù)峰越小。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）采用堿性吸收液吸收固定污染源廢氣和無組織排放樣品中的氯化氫。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中的水溶性陰離子時，采樣濾膜可選用優(yōu)質(zhì)空白值較低的玻璃纖維、石英或其它材質(zhì)的濾膜，并能滿足顆粒物采樣技術(shù)要求的產(chǎn)品。
《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）的樣品運(yùn)輸和保存規(guī)定，環(huán)境空氣顆粒物濾膜樣品在運(yùn)輸和保存時應(yīng)存放于濾膜盒中，避免折疊或擠壓；并在無刺激性氣體、避免陽光照射的環(huán)境條件下，置于4℃以下保存。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）的質(zhì)量保證和質(zhì)量控制規(guī)定，吸收瓶的吸附效率是第一支吸收瓶所收集組分與兩支吸收瓶共收集組分質(zhì)量的比值，以百分比計。
離子色譜的電導(dǎo)檢測器內(nèi)，電極間的距離G越小，死體積越小，則靈敏度越低。